Už od nepaměti oba ostrovy obývala různá etnika. Důkazem budiž archeologické vykopávky skalních hrobů označovaných jako „sendoukia“ v lokalitě Karya na Skopelu. Odhady jejich stáří se liší: pocházejí zřejmě z raně křesťanské éry, avšak možná již z neolitu.
Legenda říká, že Skopelos (v antice nazývaný Peparethos) založil jeden z Dionýsových synů Staphylus s krétskou princeznou Ariadnou. Nejstarší nálezy u zátoky Stafylos skutečně naznačují silný mykénský vliv.
O oblast nejprve Řekové bojovali s Peršany – flotila perského krále Xerxese se potopila při bouři u Skiathu roku 480 př. n. l. Jedno z prvních zdejších měst zničil Filip V. Makedonský roku 200 př. n. l. Brzy poté se na ostrovech objevili Římané (roku 82). Roku 363 byl na Skopelu popraven křesťanský biskup Réginos, dnes oslavovaný jako lokální patron.
Byzantská říše region ovládala do pádu Konstantinopole (1453), kdy tady svůj vliv začali uplatňovat osmanští Turci. Do roku 1538 však ostrovy ještě patřily Benátské republice, o čemž svědčí trosky hradu nad městem Skopelos. Brzy na to už osmanský pirát řecko-albánského původu Chajruddín Barbarossa (Rudovous) nechal vyvraždit veškeré jeho obyvatelstvo.
V té době, přestože nová kolonizace z Makedonie a Thessálie se rozproudila až v 17. století, už na ostrovech vznikaly nejstarší křesťanské kláštery. Prvním z nich byl zřejmě Theotokou Kechrias na Skiathu. V budoucnu sehrály významnou roli v dějinách ostrovů i celého Řecka.
Roku 1807 byla ve skiathoském klášteru Evangelistrias poprvé vztyčena řecká vlajka. Přední postavy národně-osvobozeneckého hnutí (jako Andreas Miaoulis a Theodoros Kolokotronis) se u ní přísahou zavázaly bojovat za samostatnost Řecka. Součástí řeckého státu se ostrovy staly v roce 1832.
