Původní obyvatelstvo, které přišlo ze Sicílie, vytvořilo na Maltě megalitickou kulturu, jejíž stopy dnes nesou chrámové areály. Tyto stavby jsou starší než legendární Stonehenge nebo známé egyptské pyramidy. Nejznámějšími památkami megalitické kultury jsou chrámové komplexy Hagar Qim a Mnajdra či Ggantija na ostrově Gozo. Světovým unikátem je také apogeum, podzemní pohřebiště v Hal Saflieni.
Z neznámých důvodů byl ostrov v rozmezí let 2500 až 2000 zcela neobydlen. Za nejpravděpodobnější vysvětlení se považuje nějaká přírodní katastrofa nebo epidemie.
Ostrovy byly znovu osídleny až v době bronzové, a to opět obyvateli ze Sicílie. Velký vliv na kulturní a hospodářský rozvoj ostrova měli Féničané, kteří v roce 800 př. n. l. spolu s Kartaginci převzali vládu nad ostrovem. Po nich na Maltu přišli Římané. Ostrov pod jejich nadvládou vzkvétal a nakonec přijal i křesťanství. Z doby jejich vlády se zachovalo několik římských vil a lázně v Ghajn Tuffieha, které skrývaly koupele se studenou či teplou vodou, toalety, převlékárny a parní lázně.
Na začátku 6. století n. l. spadá Malta pod správu Byzantské říše a začíná hospodářsky i společensky upadat. V roce 870 Maltu dobyla tuniská dynastie Aghlabidů. Její příchod má za následek islamizaci obyvatelstva, změnu jazyka a bohatou stavitelskou činnost. Dodnes se dochovalo opevnění v tehdejším hlavním městě Mdině.
Během 13. století se Malta opět dostala do rukou křesťanského panovníka, císaře a sicilského krále Fridricha II. Ostrov ovšem dlouho neudržel a již v roce 1282 byl připojen k aragonskému království.
V 16. století byla Malta císařem Karlem V. věnována johanitům, známým jako maltézští rytíři, aby ji chránili před neustálými vpády Osmanské říše. Maltézští rytíři vybudovali mnoho paláců, chrámů i kostelů, především se jim však podařilo odrazit osmanská vojska při tzv. velkém obležení v roce 1565. Kapitulovali teprve před vojskem Napoleona Bonaparta roku 1798.
O dva roky později obsadila Maltu vojska Velké Británie a v roce 1814 byla dokonce oficiálně začleněna do britského impéria. Začala éra budování průmyslu, v platnost vchází ústava, volí se parlament a zřizuje se úřad arcibiskupa. Na tuto dobu odkazují zbytky Viktoriánského opevnění. Během obou světových válek hraje Malta velmi důležitou roli ve strategii spojeneckých vojsk.
Nezávislost Malty byla vyhlášena 21. září 1964, ale hlavou státu zůstala britská královna. První maltský prezident byl zvolen až v roce 1974. I když je Malta samostatný stát, stále patří do britského Společenství národů. Do Evropské unie Malta vstoupila ve stejný den jako Česká republika, tedy 1. května 2004.
V roce 2008 se Malta stává členem Eurozóny. Rok 2017 byl pro Maltu velmi smutný, během silné bouře se do moře zřítil jeden ze symbolů ostrova, přírodní úkaz Azurové okno na ostrově Gozo.
